A Universidade de Évora foi a segunda universidade a ser fundada em Portugal em abril de 1559. Após a fundação da Universidade de Coimbra em 1537, o Cardeal D. Henrique fundou o Colégio do Espírito Santo, entregando-o à então recentemente fundada Companhia de Jesus. Com a anuência do Papa Paulo IV, expressa na Bula “Cum a nobis” de abril de 1559, foi criada a nova Universidade, com direito a lecionar todas as matérias, exceto a Medicina, o Direito Civil e a parte contenciosa do Direito Canónico. A inauguração solene decorreu no dia 1 de novembro desse mesmo ano. Ainda hoje neste dia se comemora o aniversário da Universidade, com a cerimónia da abertura solene do ano académico.
Quando a conjuntura política e cultural de meados do século XVIII se começou a revelar hostil aos jesuítas, a Universidade de Évora transformou-se um alvo da política reformadora e centralista de Pombal. Em 8 de Fevereiro de 1759 – duzentos anos após a fundação – a Universidade foi cercada por tropas de cavalaria, em consequência do decreto de expulsão dos jesuítas. Após largo tempo de reclusão debaixo de armas, os mestres acabaram por ser levados para Lisboa, onde muitos foram encarcerados no célebre Forte da Junqueira. Outros foram sumariamente deportados para os Estados Pontifícios.
A partir da segunda metade do século XIX instalou-se no nobre edifício henriquino o Liceu de Évora, ao qual a rainha Dona Maria II concedeu a prerrogativa do uso de “capa e batina”, em atenção à tradição universitária da cidade e do edifício.
Em 1973, por decreto do então ministro da Educação, José Veiga Simão, foi criado o Instituto Universitário de Évora, que viria a ser extinto em 1979, para dar lugar à nova Universidade de Évora.